臺南刑務所2003年（民國九十二年）臺南市政府將「原臺南刑務所合宿」、「原臺南刑務所要道館」、「原臺南刑務所官舍」等三棟建築物指定為市定古蹟，2005年（民國九十四年）9月11日，原臺南刑務所合宿遭到縱火，僅留碳化的軸組，2008年（民國九十七年）8月拆除未公告為古蹟與歷史建築的原臺南刑務所官舍群，2009年（民國九十八年）「原臺南刑務所所長官舍」登錄為歷史建築，使這四棟位在原臺南刑務所北側的官舍建築得以保存。